安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”。2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院；2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院（芜湖市口腔医院）。学校现为教育部中医药职业教育教学指导委员会副主任委员单位、中华中医药学会治未病分会副主任委员单位、世界中医药学会联合会亚健康专业委员会、药膳食疗研究专业委员会副会长单位、安徽省中医药现代化研究会理事长单位。